Biologie moléculaire infectieuse

Sous la direction du Docteur L. De Decker

Ces EEQ en biologie moléculaire sont adaptées aux nouveaux examens en approche syndromique infectieuse.
L’EEQ « infections génitales » a été proposé aux participants 2019 de notre ancienne EEQ « Chlamydiae » à laquelle il se substitue.

Nous vous proposons pour chacune des EEQ ci-dessous, l’envoi de 4 échantillons par an sous forme de lyophilisat. Le volume d’échantillon après reconstitution est de 2mL.
L’évaluation notée se fait sur la détection dans chaque échantillon de 1 ou 2 des agents infectieux précisés ci-dessous.

Recherche des principaux germes responsables d’infections génitales par technique PCR (simple ou multiple) (Ref: GYN)

Bactéries	Virus
Chlamydiae trachomatis Neisseria gonorrohae Mycoplasma genitalium	Human Papilloma Virus Herpes virus

Recherche des principaux germes responsables d’infections méningées par technique PCR. (Ref: MEN)

Bactéries	Virus	Levure
Escherichia coli K1 Haemophilus influenzae Listeria monocytogenes Neisseria meningitidis Streptococcus agalactiae Streptococcus pneumoniae	Cytomégalovirus (CMV) Entérovirus Virus herpès simplex 1 (HSV-1) Virus herpès simplex 2 (HSV-2) Virus varicelle-zona (VZV)	Cryptococcus neoformans / gattii

Recherche des principaux germes responsables d’infections respiratoires par technique PCR. (Ref : RES)

Bactéries	Virus
Bordetella pertussis Chamydophila pneumoniae Mycoplasma pneumoniae Legionella pneumophila	Coronavirus SARS-CoV-2 (COVID-19) Coronavirus HKU1 Coronavirus NL63 Coronavirus 229E Virus de la grippe A Virus de la grippe A/H1 Virus de la grippe A/H1-2009 Virus A/H3 Virus de la grippe B Virus parainfluenza 1 Virus parainfluenza 2 Virus parainfluenza 3 Human metapneumovirus Enterovirus/Rhinovirus Virus respiratoire syncitial Human bocavirus

2020 : un échantillon supplémentaire pour cette EEQ permettra aux laboratoires qui réalisent la recherche du SARS-CoV-2 par RT-PCR de disposer d’une EEQ adaptée.

Les adhérents déjà inscrits, recevront automatiquement ce second échantillon, sans surcoût. Les laboratoires qui souhaitent adhérer et participer aux 2 confrontations du second semestre 2020, pourront le faire en nous contactant par courriel à partir du module communication de leur espace abonné. Ils bénéficieront d’un tarif réduit de 50% pour participation à 2 des 4 confrontations annuelles.

2021 : l’EEQ intègrera la recherche en RT-PCR du SARS-Cov-2 (COVID19). L’échantillon unique contiendra systématiquement 3 germes dont 2 virus afin de permettre une fréquence de positivité adaptée.

Recherche des principaux germes responsables d’infections gastro intestinales par technique PCR. (Ref GAS)

Bactéries	Virus	Parasites
E. coli entérotoxigène (ETEC) lt/st E. coli produisant des shiga-toxines (STEC) stx1/stx2 E. coli O157 Campylobacter (jejuni, coli et upsaliensis) Clostridium difficile (toxine A/B) Plesiomonas shigelloides Salmonella Yersinia enterocolitica Vibrio (parahaemolyticus, vulnificus et cholerae) Vibrio cholerae	Adénovirus F40/41 Astrovirus Norovirus GI/GII Sapovirus	Cryptosporidium Cyclospora cayetanensis Entamoeba histolytica Giardia lamblia

Recherche de Bordetella pertussis, parapertussis ou holmesii par technique PCR. (Ref BOR). – NOUVEAUTE 2022

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EEQ non maintenue à partir de 2022

Recherche d’adénovirus, rotavirus, norovirus, astrovirus et sapovirus dans les selles (Ref ANR)  – par biologie moléculaire uniquement

Virus

Adenovirus Rotavirus Norovirus Astrovirus Sapovirus